Расположена в северо-восточной части Европы. Омывается с севера водами Финского залива, с запада — Балтийским морем и Рижским заливом, граничит с Латвией на юге и с Россией — на востоке. Длина береговой линии 3794 км.
В состав Эстонии входит 1521 остров в акватории Балтийского моря общей площадью 4,2 тыс. км². Самые крупные из них — Сааремаа и Хийумаа, а также Муху, Вормси, Кихну и др. Несмотря на значительную площадь, на островах проживает менее 5 % населения страны.
